Při modernizaci bude trať z Prahy do Benešova přesunuta do přímější trasy přes plochu bývalého seřaďovacího nádraží ve Vršovicích. Do souběhu s ní bude přeložena i trať z Prahy-Malešic, společně tak vytvoří čtyřkolejný úsek. Díky narovnání tratě dojde ke zkráceni kolejí o 232 m a ke zvýšení rychlosti v oblasti Strašnic na 120 km/h, ve Vršovicích pak na 85 -105 km/h.
Stávající strašnická zastávka ani stanice ve Vršovicích nenabízejí optimální přestupní vazby na MHD. Trať přítomna dvou místech kříží frekventované autobusové linky, aniž by bylo možné na ně přestoupit. Proto právě v těchto místech vzniknou nová nádraží: přímo nad rozšířeným podjezdem Průběžné ulice vyroste žst. Praha-Zahradní Město, zatímco na křížení s autobusovou tangentou Jižní Město - Vinohrady v blízkosti fotbalového stadionu Slavie vznikne zastávka Praha-Eden.
Zrušením tratě přes Strašnice naopak zanikne tamní železniční zastávka. Stanice Praha-Vršovice bude cestujícím sloužit i nadále, ale pro zlepšení docházky do zástavby bude prodloužen podchod směrem k Bartoškové ulici a tím i k náměstí Bratří Synků, na opačném konci pak do přednádražního prostoru. Projekt Optimalizace traťového úseku Praha Hostivař- Praha hl. n., II. část Praha Hostivař - Praha hl. n. je spolufinancován Evropskou unií z programu CEF. Celková předpokládaná výše nákladů dosahuje 4 419 960 495 Kč. Míra podpory EU je 82,14 % ze způsobilých nákladů, tedy výše dotace činí maximálně 110 309 931 EUR (cca 3 mld. Kč).